MATLABを利用する場合、Sample:オペラント条件づけの学習のデータをローカル環境にダウンロードのうえ、PATHを設定し以下を実行してください。
https://www.dropbox.com/scl/fi/fzws8va5y6xq8kzyvyj3c/BraiDynDB_handlingSampleData.m?rlkey=aofn0pyeziccivwwxgaonjywr&dl=0
Data usage (NWBの読み込み,PETH作成方法など)
※本サンプルデータ公開時点では,matlabを用いたNWBファイル読み込み・PETH作成方法を記述したサンプルコードを公開する.全データ公開時においては,pythonによるNWBファイルの読み込み・PETH作成についてのドキュメントもあわせて公開予定.
- NWBファイルをmatlabから取り扱うための関数群であるMatNWBを,以下のGithubページ(https://neurodatawithoutborders.github.io/matnwb/)の指示に従いセットアップする.
- サンプルデータセットをダウンロードする.
- デモコード(BraiDynDB_handlingSampleData.m)内,nwbpathを読み込みたいnwbファイルへのパスに置き換える.
セッションのメタデータの表示,トライアル情報の取り込み・表示,神経活動の読み込み・表示および各トライアルで提示される音刺激にPeri-event time histogram(PETH)の作成・表示,生データ(5kHzサンプリング)の取り出し・表示・PETH作成,DeepLabCutで推定されたキーポイントおよび瞳孔経の読み出し・表示・PETH作成などを行う簡単なプログラム
- MatNWBについてのより詳細な使用法,およびドキュメントについては以下のURLを参照のこと.